Die Akkreditierung der Studiengänge durch unabhängige Agenturen wurde in Deutschland erst 1998 eingeführt. Das deutsche Akkreditierungssystem ist dadurch gekennzeichnet, dass die Akkreditierung von Studiengängen bzw. hochschulinternen Qualitätssicherungssystemen durch Akkreditierungsagenturen erfolgt, die ihrerseits durch den Akkreditierungsrat akkreditiert werden. Mit der Etablierung eines Akkreditierungssystems (an Stelle der ministeriellen Genehmigung von Studiengängen) soll eine verlässliche Orientierung bezüglich der Qualität der neuen Bachelor- und Masterprogramme für Hochschulen, Studierende und Arbeitgeber erreicht werden. Kernelement der Akkreditierung ist neben der Einhaltung formaler Strukturvorgaben die Überprüfung der Qualität durch unabhängige Gutachter.

Mit der Programmakkreditierung soll die Qualität des jeweiligen Studiengangs bestätigt werden. Im Zuge der Fokussierung auf „learning outcomes“ wird auch die transparente Beschreibung der Lernergebnisse und der Module überprüft. Die Umstellung der Curricula und Prüfungen auf Lernergebnisse war und ist für viele Hochschulen mit erheblichem Aufwand verbunden.

Neben der Überprüfung der Qualität studiengangsbezogener Konzepte hat sich in den letzten Jahren der Fokus der Qualitätsuntersuchung auch auf das Qualitätsmanagement der gesamten Hochschule erweitert. In Analogie zur Qualität in der technischen Produktion kann man diese Qualitätsausrichtungen als Produktqualität (Programmakkreditierung) und Produzentenqualität (Qualitätsmanagement der Hochschule) ansehen. Mit der 2007 erfolgten Einführung der Systemakkreditierung als Alternative zur  Programmakkreditierung sollten in einem Akkreditierungsprozess beide Qualitätsausrichtungen überprüft werden. Das Verfahren der Systemakkreditierung ist jedoch sehr komplex und aufwändig in der Durchführung, so dass die erste Systemakkreditierung erst im April 2011 erfolgreich abgeschlossen wurde.

Die Akkreditierung war bei vielen Hochschulen von vornherein kritisch gesehen worden, da sie als ein Eingriff von außen wahrgenommen wurde. Diese Kritik hat in letzter Zeit deutlich zugenommen. Die Akkreditierung wird von vielen Hochschulen als aufwändig und kostenintensiv angesehen. Hochschulen beklagen eine mangelnde Transparenz, zu viel Detailsteuerung mit häufigen Änderungen und mit zu vielen Akteuren (KMK, HRK, Landesministerien, Akkreditierungsrat, Akkreditierungsagenturen) und fordern eine Stärkung der eigenen Verantwortlichkeit für die Qualität eigener Lehrangebote. Es ist allerdings zu beobachten, dass Hochschulen, die sich intensiv mit Qualitätssicherungsaspekten auseinandergesetzt und viele ihrer Studienangebote akkreditiert haben, in ihrer Einschätzung deutlich positiver sind. Zunehmend mehr engagierte Beteiligte verfolgen das Thema Qualität der Hochschulen intensiv und es gibt in der Zwischenzeit eine Vielzahl erfolgreich abgeschlossener Akkreditierungsverfahren.